Wie man nur ein Video speichert weiß ich schon. Nur das mit den Kommentaren habe ich keine Lösung gefunden.
Am liebsten wäre es mir, wenn es eine Möglichkeit gibt, dass die Kommentare verlinkt sind. Wenn man auf dem Kommentar auf einem Timestamp kickt, dass es dann auch auf dem Video dahin springt.
Es gibt eine YouTube API mit (zumindest nach meinem letzten Wissensstand) einer gewissen Menge an kostenlosen Tokens. Da kannst du auch Kommentare herunterladen (Dokumentation) und unter deinem video einfügen. Falls du das bei sehr vielen Videos machen willst bzw. immer alle Kommentare erfassen willst, dann könnte das die Tokens schnell aufbrauchen, aber das kommt auf deinen konkreten Anwendungsfall an.
Für das Video selbst macht wahrscheinlich ein Tool wie z.B. youtube-dl Sinn.
EDIT: Anscheinend kann youtube-dl auch Kommentare mit herunterladen, das wäre also also vermutlich deine beste all-on-one lösung